重建後的新皇崗口岸（新聯檢大樓）於10月12日（星期一）早上6時30分啟用（電台），全日24小時通關（TVB、The Standard）。政務司司長陳國基與保安局局長鄧炳強到場視察，稱運作暢順。鄧炳強說，開通後兩小時人流比舊口岸同期多六成；截至上午8時半，累計約5,170人次出入境（星島頭條、信報、Yahoo新聞）。陳美寶說，截至早上8時約1,200人北上、近2,000人南下（電台）。深圳口岸辦預計首日客流約4萬至5萬人次，這是預測，不是實際數字（電台）。實測方面，電台記者用自助通道抵深圳全程約5分鐘；另一項經Yahoo新聞轉載的實測稱快14分鐘。業界方面，的士須取籌接客、旅遊巴須轉乘，均有人要求檢討（電台）。
皇崗是港深之間最繁忙的陸路口岸之一，通關是否順暢，直接影響上班、旅遊、跨境貨運與北上消費。首日數字高於舊口岸，說明新設施有吸引力，但假日與周末的人流量更大，才是真正的壓力測試；的士與旅遊巴的安排，亦決定「最後一公里」是否方便。
北上或南下之前，先查看當日交通與巴士安排；乘的士的旅客要留意在口岸取籌的規定，帶大件行李的旅客可向巴士公司查詢是否有行李架。假日人流高峰預期較擠，宜預留更多時間。
官員、首批旅客與部分司機的看法：新大樓寬闊，設有自助通道，過關時間比舊口岸短，首日運作暢順。
業界與部分旅客的看法：的士取籌可能令司機卻步，旅遊巴要轉乘，大樓範圍太大、現場仍有排隊與混亂；全日及假日人流未有官方數字。
首日的好評多數出自官員和早上的實測，而且是人流較易控制的星期一。真正要看的是三件事：周末與重陽假期的實際人流與輪候時間、的士取籌與旅遊巴轉乘會否調整，以及官方何時公布全日通關人次。在這些數字出現之前，「運作暢順」是官方說法，不是結論。
電台 · 星島頭條 · 信報 · TVB · 南華早報 · CNA · Yahoo新聞（10月12日）
新皇崗口岸首日：開通頭兩小時逾5,000人次出入境，鄧炳強稱較舊口岸多六成；的士取籌、旅遊巴轉乘惹業界意見新皇崗口岸首日：開通頭兩小時逾5,000人次出入境，鄧炳強稱較舊口岸多六成；的士取籌、旅遊巴轉乘惹業界意見
官員稱運作暢順，實測過關比舊口岸快；全日實際人流未見公布，周末與重陽節假期才是真正考驗。
重建後的新皇崗口岸（新聯檢大樓）於10月12日（星期一）早上6時30分啟用（電台），全日24小時通關（TVB、The Standard），兩地政府公告稱舊有旅客通關設施同時暫停服務；日期選在國慶長假之後，讓員工在較淡的日子適應（The Standard）。政務司司長陳國基與保安局局長鄧炳強到場視察，稱運作暢順；香港01與堅料網報道，港方首日開放所有海關及出入境櫃位。鄧炳強說，開通後兩小時的人流比舊口岸同期多六成；截至上午8時半，累計約5,170人次出入境（星島頭條、信報、Yahoo新聞）。運輸及物流局局長陳美寶說，截至早上8時約有1,200人北上、近2,000人南下（電台）。至於全日人流，深圳口岸辦預計首日約4萬至5萬人次（電台）；這只是預測，本報未見實際全日數字。兩地官員早前稱每日通關能力由舊口岸約4萬人次提升至20萬人次，但另有報道給出的舊口岸數字為5萬、初期容量為10萬人次，說法不一（The Standard）。
通關速度方面，電台記者首次使用自助通道，由香港到抵達深圳全程約5分鐘；另一項經Yahoo新聞轉載的電視台實測稱，新口岸過關比舊口岸快14分鐘。跨境車司機稱車輛查驗約兩分鐘；跨境巴士業界稱當日由市區前往口岸交通暢通，由深圳抵港的市民亦稱過關方便舒服；有跨境旅遊巴公司將推出口岸套票招徠乘客（電台）。深圳旅行團則搶先來港一日遊，港人讚接駁地鐵方便（Yahoo新聞）。《南華早報》報道，有旅客讚過關「光速」，也有人覺得大樓太大，現場亦見排隊和混亂。業界反應不一：的士業界稱，在新口岸接客須先取籌，可能影響司機意欲，希望再檢討；旅遊巴須轉乘其他車輛前往口岸，崔定邦說業界希望人車直達（電台）。陳美寶說已要求調配設有行李架的巴士（星島頭條、i-Cable）。陳國基稱有信心應付重陽節假期的高峰，並形容周末才是真正的挑戰（文匯報、i-Cable）；他又說，政府正研究把「一地兩檢」延伸到其他口岸（文匯報、大公文匯網，同一集團）。